Velen denken dat de Vrijmetselarij één enkele mondiale organisatie is. Dé Vrijmetselarij bestaat echter niet. Ze is in de eerste plaats opgedeeld in Reguliere Vrijmetselarij (ook dogmatische genoemd, omdat ze een Opperbouwmeester van het heelal erkent, of Angelsaksische Vrijmetselarij, omdat ze arbeidt volgens de regels aanvaard door de Grootloges van Engeland, Schotland en Ierland om als regulier erkend te worden) en de Irreguliere Vrijmetselarij (ook a-dogmatische of liberale Vrijmetselarij genoemd). Verder is ze niet in alle landen aanwezig: zo is ze bvb. in de Chinese Volksrepubliek verboden alsook in Staten waar de Islam de staatsreligie is. De Reguliere Vrijmetselarij is als veruit de grootste aanwezig in talrijke landen, met een paar miljoen Broeders. De Reguliere Grootloge van België erkent Grootloges in 72 landen.
Er bestaat geen mondiaal overkoepelend instituut van de vrijmetselarij. Ze is territoriaal georganiseerd per land in autonome Grootloges. Een Grootloge is het bestuursorgaan van de Vrijmetselarij binnen een bepaald gebied, waarbij territorium gewoonlijk een land of staat betekent. Vandaag spreekt men ook over Obediëntie of Grootmacht, die gezag (jurisdictie) uitoefent over haar Loges. Bij Le Droit Humain heeft men het over Federaties. In het Angelsaksisch maçonniek jargon kent men de term “obedience” niet en heeft men het enkel over “Grand Lodge” of “Order”. Ook gebruikt men de term “The Craft” om de symbolische Loges (die de zgn. “blauwe” graden van Leerling, Gezel en Meester toekennen) te duiden. Grootloges oefenen enkel gezag uit over deze symbolische Loges.
De Grand Lodge of London and Westminster, die dateert uit juni 1717, is de oudste Grootloge (in 1813 werd dit de United Grand Lodge of England -UGLE) en wordt universeel beschouwd als de Moeder Grootloge van de georganiseerde reguliere Vrijmetselarij. Het werd gevolgd door de vorming van de Grootloge van Ierland in 1725, de Grootloge van Schotland in 1736, de Deense Orde van Vrijmetselaars – Grootloge van Denemarken in 1745 en het Groot-Oosten van Nederland in 1756. Enkele van de Grootloges die op deze pagina worden vermeld, vooral die in de landen van het Gemenebest, bestaan uit loges die oorspronkelijk onder UGLE of de Grootloge van Ierland of de Grootloge van Schotland stonden. Andere Grootloges zijn relatief nieuw, zoals die uit Oost-Europa, waar de vrijmetselarij pas tegen het einde van de twintigste eeuw werd hersteld.
Elke Grootloge is soeverein binnen haar territorium. Er is dus geen hiërarchische relatie tussen Grootloges. Een Grootloge oefent enkel een hiërarchisch gezag uit over de Loges aan wie zij een zgn. charter heeft verleend, d.w.z. toelating heeft gegeven om ze op te richten. Dit hiërarchisch gezag is beperkt tot het opleggen van een Constitutie aan de Loges en een algemeen reglementair kader dat de Loges moeten aanvaarden. Men noemt elke Grootloge ook een obediëntie, waarin men de term “obedire” herkent, d.w.z. gehoorzamen, wat betekent dat elke aangesloten Loge volgens de Constitutie en het algemeen reglementair kader moet arbeiden.
Tussen de Grootloges zelf zijn er bilaterale relaties via een systeem van onderlinge “erkenning”. ‘Erkenning’ in deze zeer specifieke vrijmetselaarsbetekenis van het woord betekent dat de Grootloge van een land de Grootloge van een ander land alsook de daaronder ressorterende Loges beschouwt als regelmatig in hun praktijk van de Vrijmetselarij en in de manier waarop ze zijn gevormd. Doordat elke Grootloge soeverein is wie ze erkent, komen er eigenaardige situaties voor. In Italië bvb. heeft men de Grootloge van het Gran Oriente d’Italia (GOI) alsook de Grootloge van de Gran Loggia Regolare d’Italia (GLRI). Onze GRLB erkent enkel het GOI terwijl de UGLE enkel het GLRI erkent: de Broeder van mijn Broeder is dus niet altijd mijn Broeder ……
Sommige landen hebben meerdere autonome Grootloges binnen hun grenzen, zoals Australië, Brazilië, Canada, Colombia, Mexico en de Verenigde Staten. In de Verenigde Staten hebben sommige staten twee Grootloges. Dit heeft te maken met de Prince Hall-Vrijmetselarij: dit is een overwegend reguliere vorm van vrijmetselarij, die ontstaan is in de Verenigde Staten naar aanleiding van de historische apartheid tussen blanken en zwarten die aldaar bestond. Op 6 maart 1775 werd de Amerikaan van Afrikaanse afkomst Prince Hall verheven tot meester in een Amerikaanse militaire loge onder constitutie van de Grand Lodge of Ireland. Enkele jaren later kregen ze de erkenning om als gewone loge onder de historische voorganger van de United Grand Lodge of England te werken. In 1813 werd de erkenning ingetrokken. Hieruit is een traditie ontstaan van afgescheiden en onafhankelijke loges die bijna uitsluitend rekruteren uit Amerikanen van Afrikaanse oorsprong. Lidmaatschap in de reguliere grootloges was na dit moment niet meer mogelijk. De Prince Hall-vrijmetselarij verenigt thans vrijmetselaarsloges in grootloges per Amerikaanse staat. Een groot deel van deze obediënties heeft ondertussen opnieuw erkenning verkregen door de United Grand Lodge of England en andere Amerikaanse reguliere grootloges. Enkel in de staten die voorheen tot de Geconfedereerde Staten van Amerika behoorden, ligt een erkenning nog moeilijk.
Sommige Grootloges hebben nog een tussenniveau tussen de Loges en de Grootloge. Zo kennen bvb. de Engelse, de Italiaanse en de Schotse Grootloge Provinciale Grootloges. Enkele hebben ook Loges in het buitenland (met akkoord van Grootloge van het gastland). De Schotse Grootloge bvb. heeft meerdere buitenlandse District Grand Lodges. In België echter staan de Loges Wellington (Antwerpen) en Allegiance (Bussel) dan weer onder rechtstreekse jurisdictie van de Schotse Grootloge, zonder tussenniveau.
Over het algemeen zal een Grootloge slechts één Grootloge in een land/gebied erkennen. Niettemin zijn er uitzonderingen en worden er om specifieke en historische redenen twee Grootloges erkend in bepaalde gebieden, zoals in de Amerikaanse Staten (ook RGLB erkent in enkele VS-staten naast de “gewone”reguliere Grootloge de Prince-Hall-Grootloge).
Er bestaan her en der zgn. “wilde” Loges. Deze hangen van geen enkele Grootloge af en genieten dan ook vanuit deze Grootloges geen enkele erkenning. Ze ontstaan meestal door uitgetreden Vrijmetselaars uit ongenoegen met de obediënties. De praktijk leert dat ze slechts een kort bestaan hebben.
De grootste obediënties in België zijn het Grootoosten van België met ongeveer 10.000 leden, de Belgische federatie van Le Droit Humain met ongeveer 6.500 leden, de Grootloge van België met ongeveer 3.500 leden, de Reguliere Grootloge van België met een kleine 1900 leden, de Vrouwengrootloge van België met ongeveer 1.600 leden en de Confederatie van Loges Lithos (aantal leden niet bekend, maar wel gestaag groeiend).